Ethidiumbromid (EtBr), ein allgemein anerkannter Interkalator für DNA, besitzt auch die Fähigkeit, RNA zu färben, was es zu einem vielseitigen, wenn auch historisch umstrittenen, Reagenz für die RNA-Gel-Färbung macht. Während seine Hauptanwendung in der Visualisierung von doppelsträngiger DNA liegt, kann EtBr an RNA binden, insbesondere an Regionen mit Sekundärstruktur, wo es interkalieren kann. Dies ermöglicht die Visualisierung von RNA-Molekülen in der Gelelektrophorese, wenn auch mit bestimmten Überlegungen und Einschränkungen.

Die Wirksamkeit von EtBr für die RNA-Färbung wird im Allgemeinen als geringer eingeschätzt als für dsDNA. RNA-Moleküle weisen tendenziell komplexere Sekundärstrukturen auf und können in einzelsträngigen Formen vorliegen, die EtBr nicht so effizient binden wie dsDNA. Folglich könnten höhere Konzentrationen von EtBr oder längere Färbezeiten erforderlich sein, um ein ausreichendes Signal für den RNA-Nachweis zu erzielen. Darüber hinaus können die vorhandenen RNA-Sekundärstrukturen die Bindungsaffinität und die Fluoreszenzausbeute von EtBr beeinflussen, was potenziell zu variablen Färbeergebnissen führt. Forscher stellen oft fest, dass EtBr zwar größere RNA-Moleküle oder RNA mit signifikanten doppelsträngigen Regionen nachweisen kann, es jedoch weniger zuverlässig für die Visualisierung kleiner RNA-Fragmente oder hochdenaturierter RNA ist.

Die mutagene Natur von EtBr gilt auch für seine Verwendung mit RNA. Unabhängig vom Ziel-Nukleinsäure müssen die Standard-Sicherheitsvorkehrungen für den Umgang mit EtBr beachtet werden. Aufgrund dieser Einschränkungen und Sicherheitsbedenken ziehen es viele moderne Labore vor, spezielle Farbstoffe zu verwenden, die speziell für die RNA-Visualisierung optimiert sind und eine verbesserte Empfindlichkeit und ein besseres Sicherheitsprofil bieten. Farbstoffe wie der EMBER™ Ultra RNA Gel Kit oder SYBR® Gold werden oft als überlegene Alternativen für die RNA-Gel-Färbung empfohlen.

Diese alternativen Farbstoffe sind oft so formuliert, dass sie effektiver an RNA binden, eine hellere Fluoreszenz aufweisen und in der Regel weniger toxisch als EtBr sind. Beispielsweise ermöglicht das EMBER™ Ultra RNA Prestain Loading Dye die Denaturierung, das Laden und das Färben der Probe in einem einzigen Schritt, was den Arbeitsablauf vereinfacht. Bei der Auswahl eines Farbstoffs für die RNA-Analyse ist es entscheidend, die erforderliche Empfindlichkeit, die Größe der interessierenden RNA-Moleküle und die Notwendigkeit der Kompatibilität mit nachgeschalteten Anwendungen zu berücksichtigen. Während Ethidiumbromid für die RNA-Visualisierung verwendet werden kann, liefert die Untersuchung spezialisierter Lösungen für die RNA-Gel-Färbung im Allgemeinen konsistentere und empfindlichere Ergebnisse, die den aktuellen Best Practices in der Molekularbiologie entsprechen. Lieferanten wie NINGBO INNO PHARMCHEM CO.,LTD. bieten EtBr an, es ist jedoch auch vorteilhaft, deren Angebote an spezialisierten RNA-Farbstoffen zu prüfen.