Ethidium Bromide (EtBr), agen interkalasi yang dikenal luas untuk DNA, juga memiliki kemampuan untuk mewarnai RNA, menjadikannya reagen yang serbaguna, meskipun secara historis masih diperdebatkan, untuk pewarnaan gel RNA. Meskipun aplikasi utamanya adalah untuk visualisasi DNA untai ganda, EtBr dapat mengikat RNA, khususnya pada wilayah struktur sekunder di mana ia dapat melakukan interkalasi. Hal ini memungkinkan visualisasi molekul RNA dalam elektroforesis gel, meskipun dengan pertimbangan dan keterbatasan tertentu.

Efektivitas EtBr untuk pewarnaan RNA umumnya dianggap lebih rendah dibandingkan untuk dsDNA. Molekul RNA cenderung memiliki struktur sekunder yang lebih kompleks dan dapat eksis dalam bentuk untai tunggal, yang tidak mengikat EtBr seefisien dsDNA. Akibatnya, konsentrasi EtBr yang lebih tinggi atau waktu pewarnaan yang lebih lama mungkin diperlukan untuk mencapai sinyal yang memadai untuk deteksi RNA. Selain itu, keberadaan struktur sekunder RNA dapat mempengaruhi afinitas pengikatan dan hasil fluoresensi EtBr, yang berpotensi menyebabkan hasil pewarnaan yang bervariasi. Peneliti sering menemukan bahwa meskipun EtBr dapat mendeteksi molekul RNA yang lebih besar atau RNA dengan wilayah untai ganda yang signifikan, metode ini kurang dapat diandalkan untuk memvisualisasikan fragmen RNA kecil atau RNA yang sangat terdenaturasi.

Sifat mutagenik EtBr juga berlaku untuk penggunaannya dengan RNA. Tindakan pencegahan keamanan standar untuk penanganan EtBr harus diamati, terlepas dari asam nukleat target. Karena keterbatasan dan kekhawatiran keselamatan ini, banyak laboratorium modern lebih memilih menggunakan pewarna khusus yang secara spesifik dioptimalkan untuk visualisasi RNA dan menawarkan sensitivitas serta profil keamanan yang lebih baik. Pewarna seperti EMBER™ Ultra RNA Gel Kit atau SYBR® Gold sering direkomendasikan sebagai alternatif yang lebih unggul untuk pewarnaan gel RNA.

Pewarna alternatif ini sering diformulasikan untuk mengikat RNA dengan lebih efektif, menunjukkan fluoresensi yang lebih terang, dan biasanya kurang beracun daripada EtBr. Misalnya, EMBER™ Ultra RNA Prestain Loading Dye memungkinkan denaturasi sampel, pemuatan, dan pewarnaan dalam satu langkah, menyederhanakan alur kerja. Saat memilih pewarna untuk analisis RNA, sangat penting untuk mempertimbangkan sensitivitas yang dibutuhkan, ukuran molekul RNA yang diminati, dan kebutuhan akan kompatibilitas dengan aplikasi hilir. Meskipun Ethidium Bromide dapat digunakan untuk visualisasi RNA, mengeksplorasi solusi pewarnaan gel RNA khusus umumnya menghasilkan hasil yang lebih konsisten dan sensitif, sejalan dengan praktik terbaik saat ini dalam biologi molekuler. Pemasok seperti NINGBO INNO PHARMCHEM CO.,LTD. menawarkan EtBr, tetapi juga bermanfaat untuk menyelidiki penawaran pewarna RNA khusus mereka.